Dituduh khalwat

Semasa menjadi Ketua Pemuda PAS, beliau ditangkap 'khalwat' dengan isteri orang bernama 'Normah Abdul Halim' di bilik 121, Hotel Perdana, Kota Bharu, Kelantan. Kes ini dibicarakan di Mahkamah Syariah Kota Bharu. Serbuan oleh pegawai Jabatan Agama Hal Ehwal Islam Kelantan [JAHEIK] disertai krew TV3. Bagaimanapun Mat Sabu bebas dari tuduhan itu kerana kekurangan bukti. Isteri Mat Sabu juga bernama 'Normah'.[5] Kes 1994 ini muncul semula dalam Youtube pada 12 September 2011 .[6]

Wira Bukit Kepong

Pada 21 Ogos 2011 semasa satu ceramah di Gelugor, Pulau Pinang, Mohamad Sabu mengeluarkan satu kenyataan kontroversi dengan mengatakan kononnya Muhammad Indera, ketua tentera Parti Komunis Malaya (PKM) semasa Peristiwa Bukit Kepong 1950 yang selayaknya digelar "hero negara" dan bukannya anggota polis yang berjuang sehingga ke titisan darah terakhir untuk mempertahankan balai polis Bukit Kepong, dengan mendakwa kesemua anggota polis semasa serangan tersebut sebagai "pegawai British" manakala askar PKM pula dianggap "hero negara sebenar" memandangkan mereka "menentang British".[7] Ceramah tersebut, yang videonya tersebar luas di laman YouTube, telah mencetuskan kemarahan rakyat di seluruh Malaysia, memandangkan kenyataan tersebut dianggap sabagai satu penghinaan terhadap ahli keluarga 25 orang termasuk kanak -kanak, dan wanita yang terkorban dalam serangan tersebut,[8], [9]di samping para pejuang kemerdekaan lain yang tiada kaitan dengan PKM seperti Tunku Abdul Rahman dan Dato' Onn Jaafar.[10]

Walau bagaimanapun, Parti Islam Se-Malaysia (PAS) menafikan segala tuduhan tersebut serta mempertahankan kenyataan dan dakwaan Mohamad Sabu atas alasan sama.[11]

Pada 10 September 2011, Mat Sabu mempertikaikan pula jasa Sarjan Hassan mempertahankan tanah air.[12]

Pada 20 September 2011, rumahnya disimbah dengan minyak tanah dan dibakar. Rumahnya di Seksyen 19 , Shah Alam ketika itu didiami oleh anaknya. Isterinya Normah Alwi menjaga ibu bapanya yang dimasukkan ke Hospital Kangar, Perlis. Laporan polis dibuat di Balai Polis Seksyen 15, Shah Alam.[13]

Pada 21 September 2011, Mat Sabu didakwa mengikut Seksyen 500 Kanun Keseksaan di Mahkamah Sesyen Butterworth kerana memburukkan imej polis dan keluarga mereka dalam ceramah di Padang Menora pada 21 Ogos 2011. Peguam Mohamed Hanipa Maiden menyatakan Mat Sabu dibebaskan dengan jaminan RM15,000 sehingga hari perbicaraan.Jika sabit kesalahan, Mohamad boleh dipenjarakan sehingga dua tahun, atau didenda atau kedua-duanya sekali.[14]

Hubungan dengan Syiah

Keterangan Mat Sabu berkaitan isu Syiah telah mengaitkan beliau dengan sokongannya terhadap Iran dan proksinya seperti Hezbollah.[15] Beliau dinasihati agar lebih berhati-hati dalam mengeluarkan kenyataan berkenaan Syiah kerana ia melibatkan akidah umat Islam di Malaysia.[16]

Anak seorang menteri kabinet ditahan polis

Pada 5 Januari 2019, anaknya Ahmad Saiful Islam Mohamad telah ditahan bersama-sama 100 yang lain kerana positif dadah di Kuala Lumpur. Kes tersebut dibawah Seksyen 15 (1)(A) Akta Dadah Berbahaya 1952. [17]